Mange af de éngang tilvante Former og Skikke ved Kirketjenesten og Kirkerne var man dog ikke i Stand til med ét Slag at faa afskaffede ved Reformationen, og de strænge Kirkeforordninger mod Anbringelse af Helgenbilleder i Kirkerne vilde Folket ikke ganske bøje sig for. Ligesom man mange Steder beholdt Skriftestolen, saaledes tillod man sig endnu i Kong Frederik d. 2dens Tid her og der at male en St. Laurentius, en St. Georg eller Kristoffer; disse Helgener, som man fra ældre Tider træffer i Kalkmalerierne, kunde man ikke frigjøre sig for. Den mærkeligste Omgaaen af Kirkeforordningen fremdrog Forf. i Skjævinge Kirke i Sjælland; her har man, i Stedet for Helgener, fremstillet Holger Danske, der bereder sig til Kamp mod Kristenhedens Fjende, Tyrken Bruher (Fig. 43). Begge Figurer ere af over 5 Alens Størrelse. Tyrken bærer en Rustning fra o. 1540, men paa Hovedet en Turban; han holder en stor Hellebard i Haanden, som en vinget Drage synes at ville bide i, hvilket hentyder til den Drøm, Bruher havde før Kampen —: »at et glubende Uhyre søndersled hans Vaaben«. Ved Holgerfiguren er malet hans Navn: »Holger Dansck«. Imellem begge Kæmperne er en Gruppe af tre Personer, i Midten en Trold, der giver Tyrkens Svend den underfulde Salve, som heler hans Saar; bag ved Trolden staar Holgers Svend, der under Kampen fik fat i Salven, som han lægede sin Herres Saar med; derved lykkedes det Holger at overvinde Tyrken. Oven over Svenden flyver en Engel med en Skriftrulle, hvorpaa er skrevet: »Wid (d. e.: Vid, at) en helig And er med thegh«. Dette Maleri er den eneste Billedfremstilling af Holger-Danske-Sagnet i Danmark; mærkeligt nok har man paa en udskaaren Dørkarm fra Island Billeder af ham og Tyrken, og i Sverrig er der et Par Kalkmalerier, hvor Holger Danske er fremstillet, f. Ex. i Floda Kirke i Södermanland. Det er paafaldende, at der midt oppe i Sverrig skal findes flere Billedfremstillinger af Holger og hans Bedrifter, og kun en eneste i Danmark, og mærkeligt er det, paa et Sted kun et Par Mil fra Helsinge, hvor Kristjern Pedersen boede ved den Tid. Hans Syslen med og Interesse for Holger-Sagnet har muligt givet Anledning til Billedets Udførelse i den nærliggende Kirke). Billedet er malet o. 1540.
Som det af foranstaaende vil ses, vedblev man at male i Kirkerne efter Reformationen; den nedarvede Trang til at se Billeder paa Vægge og Hvælvinger kunde ikke overvindes. Da man ikke maatte male Helgener, valgte man for det meste Æmner af det gamle Testamente og lagde en symbolsk Betydning i dem: saaledes se vi Abraham, der ofrer Isak, hvilket hentyder til Gud-Fader, som hengav sin Søn for Menneskenes Frelse. Ligeledes se vi den lidende Job afbildet, der henpeger paa Kristi Taalmod under Pinsler og Død, og Jonas, som fremstiger fra Hvalens Svælg, der skal forklares som Kristi Opstandelse, o. a. l. Men disse allegoriske Billeder ere uden kunstnerisk Beaanding; der er noget, der ligesom siger, at Æmnerne ere foreskrevne og ikke fremkomne ved frit Valg.
Endnu ved Slutningen af 16de Aarhundrede og Begyndelsen af 17de er Interessen for at udsmykke Kirkerne ikke helt svækket. Nu træde de formuende Adelsslægter til og lade male gyselige Dommedagsbilleder og i Friserne lange Rækker af deres Ahneskjolde med de mest brogede Farver; adskillige saadanne Friser fandtes vel tidligere f. Ex. i Sorø (Fig. 44), Horsens og Sønderholms Kirker; men i denne Tid blive de særlig hyppige. Skjønt man maa tro, at ædle Bevæggrunde have ledet de adelige til saaledes at pryde Kirkerne, kan man dog ikke frigjøre sig for den Tanke, at en verdslig Forfængelighed ogsaa har gjort sig gjældende her; det maa dog ikke lægges dem for meget til Last, da deres gejstlige, adelige Forfædre under Katholicismen gjorde ligesaa. Næsten alle vore bekjendte Adelsslægter ere saaledes repræsenterede ved Vaabener, undertiden med paaskrevne, kjendte Navne, hvilket mange Gange yder os god Hjælp ved Bestemmelsen af Tiden for andre, i Ornamentik og Karakter samstemmende Maleriers Udførelse.
Fra det syttende Aarhundrede træffer man ogsaa endnu hist og her Malinger i Kirkerne, men Billederne ere af meget ringe Værd; de ere raat og uskjønt malede og uden kunstnerisk eller kulturhistorisk Betydning. Baade i dette og det følgende, attende Aarhundrede viser der sig i det hele kun liden Omhu for Kirkernes indre og ydre Udsmykning; den da herskende pietistiske Aand har ikke nogen Fortjeneste af Kirkernes Udseende i den Retning, snarere det modsatte. Hvidtekosten var det Redskab, der brugtes mest, og uden Naade udslettede man de sidste Rester af, hvad der var levnet — selv af det, der i sin ædle Simpelhed maatte kunne passe for enhver religiøs Retning, og som i Aarhundreder havde prydet Kirkernes Vægge og været til Opbyggelse og Belæring for Menigheden i de forbigangne Tider.
Glemmer et Folk Minderne fra sin Fortid, sin Historie, vil det ikke kunne leve som Nation. Den danske Jord har i Tusender af Aar trofast gjemt de gamles Vaaben og Redskaber. Vore Fædre have med Kjærlighed og Ærbødighed set op til de gamle Kæmpehøje, der pryde vore Aase og Højdedrag. Kirkerne have i de gamle Kalkmalerier bevaret Minder om den Aand, den Virken og det Følelsesliv, der rørte sig her i Middelalderen, Vor Tid vil heller ikke glemme den Pligt, der hviler paa os; det viser sig overalt i den levende Trang til at værne om Fortidens Minder.
De gamle Kalkmalerier ere heller ikke glemte; de, der have særlig Værd, ville nu blive skjærmede mod Tilintetgørelse, idet Staten villigt er traadt til og har givet rigelige Midler til deres Bevaring og Udbedring.